In kleinen Mengen gehört Kreuzkraut in den Restmüll, größere Mengen sollten verbrannt oder in speziellen Kompostierungsanlagen entsorgt werden (s. unten). Auch nichtblühende und nicht samentragende Pflanzen sollten nicht hauseigen kompostiert werden (Gefahr der Neuwurzelung), da die Verrottungshitze für eine komplette Zersetzung nicht hoch genung ist

Kreuzkraut muss immer, nach Schnitt und auch nach chemischen Behandlungen von allen Flächen entfernt und entsorgt werden, die zur mittelbaren Nutzung durch Tiere oder für eine Mahd vorgesehen sind. Heu und Silagen dürfen in diesem Fall nicht verfüttert werden! Angetrocknetes oder welkes Kreuzkraut wird wegen des Verlusts der Bitter- und Geruchsstoffe von Nutztieren aufgenommen, wie Todesfälle in der Schweiz belegen. Das muss auch insbesondere beim Ausmähen von Flächen mit aktueller Weidenutzung durch Tiere beachtet werden.

Eine Mulchung mit anschließendem langfristigem Verrottungsprozess über den Winter ist möglich, verhindert aber natürlich nicht nachwachsende Pflanzen durch Samen und im Boden verbliebene Wurzeln. Eine chemische oder mechanische Bekämpfung ist also dennoch notwendig. Die Mulchung ist unbedingt vor (!) der Blüte durchzuführen, da blühendes Kreuzkraut nachkeimt (Notreife), was so zu einer vielfachen Aussamung führt.

Die Bundesgütegemeinschaft Kompost (BGK) empfiehlt eine Vernichtung von Kreuzkräutern in Kompostierungsanlagen, die nach den Vorgaben der Bioabfallverordnung arbeiten. "Dabei werden sowohl Samen als auch austriebsfähige Pflanzenteile aller Pflanzenarten sicher zerstört", so die BGK. "Blühende und / oder samentragende Pflanzen sind einer schadlosen Entsorgung zuzuführen. Die Eigenkompostierung im Hausgarten ist aufgrund mangelnder hygienischer Wirksamkeit der Verfahren grundsätzlich nicht geeignet. JKK sollte als Bioabfall über die Biotonne entsorgt werden. Soweit der Anschluss an eine getrennte Sammlung von Bioabfällen nicht besteht, sollte JKK über die Restmülltonne entsorgt werden."

• Keine Verwertung blühender oder samentragender Kreuzkräuter in Eigenkompostierung oder auf dem Miststock

• Nur an solche Kompostierungsanlagen liefern, die nach vorgenannter Bioabfallverordnung arbeiten

• weitere Auflagen der BGK beachten (s.u. aufgeführte Broschüre) oder direkten Kontakt zur BGK aufnehmen info@kompost.de

Untersuchungen der Landwirtschaftskammer NRW mit der Uni Bonn haben gezeigt, dass die Samen nach dem Verweilen in der BGA ihre Keimfähigkeit verlieren. "Eine Möglichkeit der Entsorgung des Materials ist die Verwertung in der Biogasanlage. Die Sorge, dass reife Samen in der BGA überdauern könnten und dann mit der Biogasgülle auf den Flächen verteilt würden, ist anscheinend nicht zu befürchten. Noch sicherer kann auf Grund der Versuchsergebnisse die Gefahr ausgeschlossen werden, wenn der Aufwuchs zuvor siliert wird."